那么，使用生物菌肥后如何保证它们处于活体状态呢？需要从以下几个方面来做。
1、对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不撒施，用喷雾的方法效果更明显。
2、施用菌肥的最佳温度是25℃～37℃，低于5℃或高于45℃，使用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
3、不可将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合施用，因为这些很容易杀死生物菌。可先施菌肥，隔2－3天后，再用其它产品。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合用。对未腐熟农家肥也不要混合使用。
4、对于多年一直施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应。所以取代量应做到第一年30%、第二年40%、第三年60% 的取代，磷、钾肥只能补足，且不能减少使用。
5、菌肥不是速效型肥料，要在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果最理想。