化肥的缺点
1、化肥中不含有机质、腐殖酸，土壤团粒结构会遭到破坏，会造成土壤板结，农作物产量降底。
2、化肥易挥发流失、利用率低。氮肥利用率只有30%-50%，磷肥的利用率10%-25%，钾的利用率只有50%左右。
3、由于化肥成分单一，长期使用会使作物营养失调，缺乏许多中微量元素，导致作物内部转化合成受阻，而造成蔬菜瓜果品质大大下降。
4、大量施用化肥，会使蔬菜中硝酸盐含量超标，导致亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致癌物质，危害人体健康等。
5、化肥的大量使用还会造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥长期使用，会造成土壤中一些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
7、越使用化肥，地力就越下降，从而导致人们加量使用造成恶性循环。
生物菌肥料的优点
1、能使有益菌的大量繁殖，抑制了其他有害菌的存活。不但快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，起到疏松土壤，保水、保肥、及土壤的透气性，还可以分解土壤里面的农药残留，避免下茬作物产生药害。另外还会分解植物生长过程通过根系排放的有害物质。
2、固氮的同时能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可分解土壤中难溶性的磷、钾，可以大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。＇
3、能够促使土壤中微量元素的释放，被作物吸收利用，从而提高果实的品质。
4、灌根可抑制土壤中的病菌，达到生物防治病害的效果，喷到叶面还可以增肥。
5、促进作物早熟和延长采收期。由于土壤理化性质得到改善，土壤养分丰富且平衡，土壤中肥料能够更好的被作物很好的吸收，因此能够促进作物早熟和延长采收期。
6、混合有机肥使用，能够持效改良土壤，2-3年可以使土壤完全达到有机作物的标准。而且
生物菌肥里面的有益菌可以在植物根系周围不断的繁殖代谢，从而可以持续的向作物提供营养。 快速分解有机物质被作物吸收，从而改变了单用有机肥产量低、料肥效慢的特点。